Natkiškių seniūnija buvo įkurta 2001 m. birželio 19 d. Tai mažiausia seniūnija savivaldybėje. Jos teritorija užima 5 209 ha žemės plotą. Seniūniją sudaro 17 kaimų, kuriuose 2024 m. sausio 1 d. duomenimis  gyvena 671 gyventojai. Pirmasis seniūnas – Alvydas Montrimas. Nuo 2007 m. gruodžio mėn. seniūne dirba Vilyta Sirtautienė.

Pagrindinės seniūnijoje esančios įstaigos, organizacijos:

1. Pagėgių savivaldybės viešosios bibliotekos Natkiškių filialas
2. Natkiškių mobilusis paštas
3. Pagėgių kultūros centro Natkiškių kultūros namai
4. Dvi maisto prekių parduotuvės
5. Natkiškių kaimo bendruomenė
6. Sporto klubas “Aitvaras”

Seniūnijos centras – gražus Natkiškių miestelis, kurį puošia įspūdingi senosios architektūros pastatai.

Seniūnijoje yra pagrindinė mokykla, kuri pavadinta medicinos darbuotojos Zosės Petraitienės, 1982 m. sausio 6 d.  žuvusios per pūgą skubant pas gimdyvę, vardu. Prie mokyklos medikės garbei pastatytas koplytstulpis.

Seniūniją garsina sportininkai, Natkiškių kultūros namų saviveiklininkų kolektyvai: kaimo kapela „Vaivorykštė“, kuri koncertuoja ne tik savivaldybėje, bet ir kituose Lietuvos miestuose, užsienyje, moterų vokalinis ansamblis, humoro grupė „Viedaras“, kuri taip pat dalyvauja įvairiuose konkursuose, renginiuose ne tik savivaldybėje, bet ir už jos ribų. 

Seniūnijoje kasmet tradiciškai švenčiamos Oninės, Kalėdų eglutės įžiebimas, vyksta Kalėdų šventė ikimokyklinio amžiaus vaikams, kas metai vyksta tradicinė kaimo kapelų šventė “Linksmoji armonika”.

Natkiškiuose veikia evangelikų liuteronų bažnyčia. Gausiai gyventojų lankoma yra Ropkojuose esanti sena, medinė katalikų bažnyčia.